Ancora un testo scoperto a Nag Hammadi, datato intorno al III sec d.C, probabilmente scritto in un periodo di transizione da uno gnosticismo puramente mitologico ad una forma più filosofica. In quest'opera, che si presenta in forma di trattato, sono esposti la vera storia degli eventi narrati nella genesi, e la rivelazione da parte di un angelo della venuta del salvatore. Sebbene l'inizio e la fine dello scritto siano cristiano-gnostici, la narrazione mitologica dell'origine e la natura dei poteri arcontici e del legame tra questi eventi e il destino dell'uomo sono propriamente gnostici.
Nell'apocrifo di Giovanni leggiamo che il primo Arconte viene generato da Sophia, eone generato dal Pleroma (sfera divina), che invece di aongiungersi con un eone, si unì al suo desiderio per Dio Occulto trasformando l'amore in bramosia. Nè nacque Jaldaboth, un essere bestiale con la faccia da leone, emanazione stravolta di Sophia, e nella forma e nel contenuto, in cui però si riversò, seppur piccola, una scintilla della sua natura divina. Sophia, allora, vergonatasi del figlio, lo nascose in una zona lontana dagli altri eoni, qui Jaldaboth iniciò la creazione del mondo materiale e diede vita ad altri arconti in forma animalesca che sovrintendevano alle regole del cosmo e del tempo governando ognuno dei cieli.
Gli Arconti sono l'ostacolo principale al ricongiugimento dell'uomo con Dio, e quindi causa principale delle sofferenze umane. Essi rappresentano energie sie esterne che interne al cosmo, e in un cammino spirituale sono tutto ciò che dapprima interiormente e poi esternamente causa prigionia all'anima.
